今天偶尔读到一篇文章，说人的精子基因与其他几乎所有动物都是一样的，自从60亿年前进化出来之后，就再也不变了，而且几乎所有的雄性动物，包括人，用的都是一样的精子基因，这个基因是BOULE。文章发表在PLoS Genetics, 2010年7月15日。
这个基因决定精子的生成，之后的研究发现人的BOULE基因甚至能治疗有生育障碍的苍蝇，说明整个动物世界，从人类到老鼠，到鱼，所有雄性在生育能力上的一致性。
不能生育的夫妻是所有夫妻的大约15%，其中因为男性因素占50%，男性不育的原因很复杂，很多有遗传缺陷，其中就包括这个BOULE基因。
Sperm来自希腊语，是“种子”的意思，不清楚中文里“精子”或“精虫”有什么来自，是否人们认为这是男人的“精华”，所以叫“精子”？精子的发现是在1677年，当列文虎克发明了显微镜之后，什么都拿到显微镜看看，包括男人的精液，于是就发现了精子。
过去10年里，男人的精子数量呈现逐年下降的趋势，每年降低1到2%，现在WHO的标准是每毫升精液里大约有6000万个精子，少于3900万就是数量低下的表现。
最新“自然”文章说，海带上的细菌能把消化海带所需要的酶的基因转移给人体肠道里的其他细菌，日本人因为长期吃海带，所以肠道里的细菌都具备消化海带的能 力，而北美的人则没有。肠道细菌基因的快速改变能帮助人体快速适应新的食物与环境。恶毒地联想一下，长吃地沟油，肠道细菌会变异成喜爱地沟油的超级细菌。
记得有的研究说人的口味是肠道里的细菌决定的，什么样的食物养什么样的细菌，反过来，什么样的细菌决定人喜欢吃什么样的饭，常吃中餐，肠道细菌就爱中餐，改吃印度饭就拉肚子，就是这个道理。
进一步联想一下转基因食物，如我以前推测的，转基因食物是否能改变人体的肠道菌群，并没有人研究过，如果有人告诉我能，我不会感到惊奇。
因为食物上的细菌并不都是有害的，正如这项研究所示，可能还有益，所以“不干不净吃了没病”是有道理的。
最近自然杂志在线发表了中国一项关于大熊猫的研究，中国的学者们把奥运吉祥大熊猫晶晶的DNA序列测了出来，结果非常有意思，现在我试着解读一下。
首先说是熊猫，但基因与狗的DNA序列更接近，与狗一样的基因达80%，与人一样的有68%。其次发现大熊猫自身具备全部的肉食动物特有的消化蛋白质的基因，包括蛋白酶，脂肪酶，乳糖酶等，但并没有任何用于消化植物的基因，例如内切葡聚糖酶，外切葡聚糖酶等草食动物特有的酶。这个很难解释为什么大熊猫是素食主义者，文章作者推测可能是肠道的微生物帮助熊猫来消化植物，这个可以说的通，但显然缺乏足够的证据，这方面是这些年肥胖和糖尿病领域研究的热门领域。人体的绝大部分细胞都不是人体细胞，而是肠道里的微生物（比例高到10比1），这些微生物可能与肥胖的产生有一定的关系，例如有些微生物能帮助宿主吸收食物里的能量，强迫宿主发胖，而有些微生物有能帮助宿主不发胖。熊猫体内的微生物能帮助熊猫消化本身不能消化的竹子，把肉食动物转化成吃素的动物，如果能发现是什么样的微生物在发挥如此巨大的作用，那么可以想象将来如果能把这类微生物转移到人体内，就能极大的解决人类面临的粮食问题，人可以吃草，吃树叶，也可以吃竹子。 继续阅读 »
昨天在网上闲逛，在上海一家基因公司的网站上居然见到了专家团队里的一位大学同学，这位已经失散了快20年了，2009年就是本人大学毕业20周年纪念。还是昨天，接受了大学线粒体兴趣小组的邀请，明年春天讲一次代谢与胰岛素分泌，就着热乎劲，参加了NIH的线粒体兴趣组，之后很快收到很多电子邮件，原来这是个邮件里的“科学2.0”。
邮件里讨论一个肿瘤细胞的代谢与生长的问题，一位马里兰大学的教授建议大家读一篇文章，这是马里兰大学“Leslie C Costello”和“Renty B Franklin”写的评论文章，发表在Molecular Cancer (2006, 5: 59)上，题目是“Tumor cell metabolism: the marriage of molecular genetics and proteomics with cellular intermediary metabolism， proceed with caution!”。
读过文章后居然非常同意文中的观点，传统学究式的代谢研究的确与现代派的基因学蛋白学存在着研究方法上的不同，其根本是这种差别代表了两代科学家接受教育的过程是不同的。传统的科学家受到六七十年代生化代谢黄金时期的影响，接受了系统的酶学，传统生化，代谢调节等等的培训，思考和解决问题的方式是从代谢改变的现象入手，发现具体代谢通路的改变，然后研究这个通路里关键酶的活性改变，之后向上追述，探索蛋白以及基因是否是变化的原因。这个思路就是我去年回国演讲中宣扬的，我的观点是，医院里的科研不能脱离临床，首先从临床科研开始，发现问题，然后看这个问题背后的生化代谢背景，再观察是否是基因蛋白改变造成的，在科研过程中，不断地把科研的进展再翻译回临床，指导临床上对这个特殊疾病或问题的诊断治疗。就这样，从临床到基础，从基础再回到临床，反反复复，相互推动，这样才能保持一个大夫一辈子科研的延续性和实用性，当时我用我们研究的一个儿科疾病的经验作为例子，说明这个思路是可行的，这个我称之为“从下向上”的方法。
而按照现代基因学的做法，是从基因开始，大规模基因研究，发现某种疾病基因的改变，再看蛋白水平的变化，之后是蛋白功能的变化，最后观察是否这个蛋白对代谢有影响，简单的说这是“从上向下”的方式。这种方式是非常流行的，但很多时候，从上向下走的并不远，到蛋白水平就停住了，前面文章里的解释是，现代博士教育里把传统教育里的代谢部分都压缩或砍掉了，因为很多人认为代谢问题早已经都解决了，在大学教育里都学过，没有必要重复了，这就造成现代派科学家对代谢的轻视，这个也反映在一些主流科学杂志发表文章的倾向性上，现代派科研方式得出的结论很容易发表在CNS上，而传统代谢的文章就非常难了。
好在，现在传统派和现代派都意识到彼此的不足，正在逐渐向彼此靠拢，这个也是近来癌细胞代谢研究大的趋势。
最近工作涉及到Real Time PCR，要看两种老鼠组织里的一种基因表达量的差别，这样就用到了Real Time PCR。
选择GAPDH作为内对照，每次做Real Time PCR都要走内对照和目标基因，之后在一篇文献里学到了一个比较简单的算法。
首先算出目标基因与内对照基因CT的差，所谓delta CT，然后选择一个需要比较的参照基因，例如wildtype老鼠的目标基因最为参照，这样就可以算出knockout老鼠的目标基因与参照的wildtype老鼠目标基因的差，所谓delta delta CT （算作n）。然后计算2的n次方，在微软Excel里，=POWER（2,n），这样算出来的数的含义是，与wildtype老鼠的目标基因比较，Konckout老鼠的基因要高或低多少倍。
2是个理想数据，实际上有个表达效率问题，一般实际表达效率要低于2，例如1.9，简单的算法就直接用2来算。 十万个为什么（264）
一般人用“耳屎大的学问”来形容人的学问很少，但耳屎里到底有多少学问，知道的人就很少了。
耳屎的学名叫“耵聍”，是外耳道，就是耳朵眼里的分泌物，英文叫耳蜡。其功能主要是防治异物侵犯鼓膜，这些异物包括灰尘，虫子，当然，耳屎特多导致栓塞的时候，也能阻挡别人的唠叨。
耳屎分成“干的”和“湿的”两种，东亚人包括中日韩人的耳屎绝大部分都是干的。而非洲欧洲人，包括北美人的耳屎有97％的人都属于湿的，南亚人则一半一半。而美洲土著人则和东亚人的一样，估计是从东亚跨越白灵海峡移民到美洲的。
最近一期自然遗传学杂志发表了日本人对耳屎的深入研究，发现了决定耳屎干湿的基因，意义深远。研究还发现，耳屎是湿的人更容易出汗，身体也往往有味道，特别是腋下，这也是欧洲人香水业发达的主要原因，这是耳屎基因决定的。东亚人可能是冻的，身体自我保护，出汗少了，连耳屎都吹干了，最后基因也发生了变化。反过来看，是不是看人的耳屎干湿就能间接了解这个人是不是有腋臭，这个就不清楚了。
耳屎虽然不大，功能也不强，但仔细研究起来，里面的学问还是不少的。
这两天美国新闻里介绍了一个没有胃的大家庭，11个表亲，都一股脑把胃切了，原因是为了预防可能发生的胃癌。
这些人的姥姥多年前死于胃癌，原因是一种少见的遗传因素造成的。这些表亲们在进行了遗传学测试后，表明他们都携带了他们姥姥的引起胃癌的基因，将来患胃癌的可能性是70％，于是外科大夫们就预防性地把这11个人的胃都给切了。
切了胃的同志们兴奋地说，“我们将来都会死的，但肯定不会死于胃癌”。当然，没有了胃还怎么得胃癌啊！
这个看着不怎么起眼的新闻，其实有着非常重要的意义，就是遗传预测的具体应用。在大规模测试DNA后，结果会告诉被测试者，你有什么什么很糟糕的基因，所以你可能得上什么什么疾病，你会死的很惨的，既然知道了未来要发生什么，就提前做准备，例如这些人不就都把胃切了吗！
但有些问题还是要问的，例如，这样的大规模DNA测试值不值的？对大众总体健康有什么具体的好处？测试结果一定能预测未来可能发生的疾病吗？除了切除，还有没有其他好一些的方法预防可能发生的疾病？没事就切胃，谁给报销呢？
1998年人们发现这个叫做CDH1的基因突变能引发胃癌，新西兰的一个大家族因为有这个突变，很多人得了胃癌。有这个CDH1基因突变的人，70％的可能会患上胃癌。
手术过程中，外科大夫象是对待真的胃癌患者一样，把这个胃都切掉了，还扫荡了胃周围的淋巴结。然后把肠子和食道连在一气就行了，没有了胃的这11个表亲都说“没胃的感觉也挺好的”！
胃还好办，其他病呢？如果有可能患脑瘤，总不能提前把脑子切了吧！还得想其他办法。
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