应该怎么读科研文献?

2008年9月22日 青方 2 条评论

最近一期“科学家”杂志(The Scientist)发表了Steven Wiley的感慨性文章,“我最钟意的作假”。作者介绍了他在25年前读过的一篇文章,这篇文章发表在著名的杂志“细胞”上,后来证明这篇文章的作者做了假,文章被收回,但这件事情给Steven上了非常好的一堂课。

读完此文后,也给我自己上了一堂非常好的课,就是对于文献应该怎么读。Steven从此读文献,在评价文章的结论前先仔细考证文章的技术与方法,看这种方法是否可信,实验设计是否合理,逻辑上是否禁得住推敲等等。这个也能帮助我改掉我自己的不良习惯,就是读文献,看了摘要看结论,再读讨论的部分,方法往往放到最后,甚至有的时候忽略掉了,除非感到结论有些惊人的时候,才会去仔细考证方法是否可信。

现在的文献浩如烟海,我自己的习惯是每天追踪几个关键词,例如大的方面“胰岛素分泌”,在PubMed上每天都有几篇到十几篇新的文章,大概读一下摘要,感兴趣的文章就衔接到文章全文,如果文章有意思或有新意,就保存下来细细读。

从写文章的顺序得到的经验,看文章也是先看结果,再看讨论,如果有比较新颖的方法,再读一读方法,看的最少的是介绍。但对于自己不熟悉的领域,则是按照文章的顺序读,但因为时间有限,往往一目十行。

不得不承认,很多文献的确是垃圾,人们连考证其是否造假的劲头都没有。有的时候,一篇文献已经被别人证明是错误的了,但如果这个领域缺乏了解,往往能被这种依旧流传的谬误带到沟里去。

所以说读文献,正如在菜市场买菜一样,在一大堆烂白菜里,要能鉴别出哪颗是好的,哪颗看着不错但心烂了,哪颗帮子烂了,但心肯定不错,诸如此类,缺乏鉴别能力,又很容易轻信,在这种情况下开展自己的科研工作,是浪费生命。

这么看来,做科研和做生意没有什么本质上的差别,一上来就忽悠的很高的,一定要先打个大大的问号才不至于上当,对于读文献也是先抱着否定的态度读,看读完文章后,你能否被作者说服。自己写文章也是如此。

奶粉里加料能给三鹿带来多少收益?

2008年9月18日 青方 2 条评论

昨天公布的三鹿奶粉的检测结果,每千克奶粉里添加了大约2.5克的三聚氰胺,如果支起算盘算一算,三鹿会因此增加多少利润呢?

目前对奶粉中蛋白含量的测定只是检测其中氮的含量,按照一般情况,蛋白质里有大约16%的氮含量,因此把测出来的氮转化成蛋白就是“蛋白含量=N×6.25 1/0.16=6.25)”。三鹿奶粉里添加的三聚氰胺含6个氮,把这个氮折算成蛋白量就是,假蛋白含量是2.5g×6×6.25,等于93.75克假蛋白。标准的奶粉大约含36%的蛋白质,1公斤就是360克蛋白,三鹿的奶粉里含有近94克的假蛋白,就是说有26%的蛋白是假的,这个就是奶粉里添加三聚氰胺带来的利润。

这么算下来,问题又出现了,为了保证份量还是1千克,近260克的亏空就的用别的东西填补上,这个可以用便宜的植物蛋白粉,或是直接用乳糖或葡萄糖甚至淀粉代替,这么说这个奶粉营养也是不平衡的。

这么一算,我可以肯定地说,三鹿奶粉里添加三聚氰胺到这么高的量不可能是污染造成的,三鹿也不可能不知情,甚至往更严重里想,三鹿很有可能直接参与了制造毒奶粉。

如果问,鲜奶里是否也有可能添加了三聚氰胺呢?那就再算一笔账,正常情况下,鲜奶到奶粉大约是10公斤鲜奶制成1公斤奶粉,如果把三聚氰胺添加到鲜奶里,每公斤添加0.25克三聚氰胺。三聚氰胺的溶解度是大约3/升,0.25克三聚氰胺是很容易溶解到大约1升鲜奶里的。

1升鲜奶的蛋白含量大约是33克,0.25克三聚氰胺可以带来9.375克的假蛋白,具体算法是0.25×6×6.25。如果1升鲜奶里添加0.25克三聚氰胺,那么这个奶就可以按照大约23份奶对1份水的比例稀释,这样就可以保持蛋白量基本不变,就是说,在鲜奶里添加三聚氰胺,按照石家庄的加法,可以带来大约30%的额外利润。

马克思曾经说过,“只要有10%的利润,它就会到处被人使用;有20%,就会活泼起来;有50%,就会引起积极的冒险;有100%,就会使人不顾一切法律;有300%,就会使人不怕犯罪,甚至不怕绞首的危险。 ” 鉴于时代的进步和在中国赚钱不是很容易这个现实,有30%的利润,谁还会顾忌什么道德与法律呢!

当愚昧被科学武装之后,简评“三鹿毒奶粉”

2008年9月13日 青方 9 条评论

这两天在加拿大旅行,电视里看到一个新闻,说我在北美的老家费城,一位劫匪用锤子击打一位地铁乘客,抢劫财物,这个画面被录了下来。看了之后,没有因为美国老家的粗暴犯罪感到任何不安,因为这类抢劫事情发生在费城不算是奇闻,因该是算是一个“经常”的概念。加拿大很多地方都可以免费上无线网,于是看到了石家庄三鹿的毒奶粉。

石家庄算是我在中国的故乡,三鹿奶粉是少有的几个值得石家庄人骄傲的商业品牌,是很多很多年的“国家免检”产品,也算是中国奶粉业的龙头企业,是市优省优部优国优产品。这些天发现三鹿奶粉含有化工原料三聚氰胺,造成很多吃奶儿童患肾结石和肾功能损害,我感到很羞耻,石家庄人可能都会感到很羞耻,市优省优部优国优也应该感到羞耻。

WIKI百科关于三聚氰胺的解释里,特别提到“三聚氰胺用于食品工业造假”,

“食品工业中常常需要测定食品的蛋白质含量,由于直接测量蛋白质技术上比较复杂,所以常用一种叫做凯氏定氮法(Kjeldahl method)的方法,通过测定氮原子的含量来间接推算食品中蛋白质的含量。由于三聚氰胺与蛋白质相比含有更多的氮原子,所以最早被中国造假者利用,添加在食品中以造成食品蛋白质含量较高的假象。典型案例是因中华人民共和国进口的小麦蛋白粉和大米蛋白粉而引起的2007年美国宠物食品污染事件2008年中国三鹿奶粉事件”

添加三聚氰胺能虚假的提高产品的蛋白质含量,如果没有科研专业人士的参与,奶农是无从知道的,就是说当造假遭遇科学的时候,造假就会成为一种“科学造假”,其危害,其隐蔽性,其杀伤力都是很惊人的。从另一个角度看,当造假遭遇科学的时候,是野蛮愚昧遭遇到了没有良心和道德的科学,其结果就是这个“三鹿毒奶粉”,不管这件事是谁干的,是奶农还是三鹿,其目光短浅的自杀式愚蠢行为也是很令人震惊的。

这个时候,我为曾经吃过三鹿奶粉的所有人感到担忧,包括我的孩子,为石家庄能有这样一些“优秀企业”感到惭愧,感到羞耻,感到愤怒,为那些给奶农出这个“高科技”点子的化学家们感到无话可说,当无知愚昧被科学武装之后,就有了三鹿毒奶粉这颗“无知愚昧原子弹”。

什么是正常体重肥胖?

2008年9月5日 青方 7 条评论

诊断是否肥胖的标准是看BMI,就是体重指数,也就是单位体表面积的重量,算法在本博客的首页上端“看你胖不胖”的页面里。

最近美国的科学家又提出一个“正常体重肥胖”的概念,就是说体重正常,体重指数(BMI)在18.524.9之间,但身体的脂肪含量超标,具体到男性,身体脂肪含量超过体重的20%,女性超过30%

这样算下来,世界上正常人剩下的就不多了,具体到我自己,去年在芝加哥开ADA年会,用一个仪器测量了我身体的脂肪含量,22%,尽管我的BMI只有23.9,但今天才知道,我也算是正常体重的肥胖。

按照最近一项研究,美国有大约55%的体重正常的人属于这个“正常体重肥胖”,考虑到中国人的特点,这个数据可能也适合中国人。就是说看着不怎么胖,但掐掐肚皮,捏捏后背,肥肉也不少的那种。

美国最近公布了12年针对2127名成年人的研究,所有人都测量了身体脂肪含量。这群人里体重正常性肥胖占55%,这群人中男性患代谢综合征的可能性比绝对正常的人高68%,女性患代谢综合征的可能性则要高300%,患心血管疾病的可能性高400%。所以,不胖的女胖子们要特别注意了。

测量方法只有依靠医院的仪器,这个我以前介绍过,目前还很难自己测量,根据本人的经验,感觉肚子上肥肉比较多的,大多就已经是正常体重肥胖了。

“上帝的女儿”萨拉.佩林

2008年9月4日 青方 4 条评论

说实话,从上个星期五老麦宣布了萨拉.佩林是他的“灵魂伙伴”后,我就有点上瘾地开始关注政治,关注美国的史无前例的选举,不是因为佩林曾经是一个5000人小镇选出来的“小姐”,而是她的政治观点,把本来比较温和的选举又带回到“流产”和“同性恋”的题材上了,当然还有“少女怀孕”这个更现实的问题。

昨天晚上抵制住太太的嘲笑,说我是政治狂人,观看了萨拉.佩林在共和党第N届全国代表大会上的演讲,更确切地说是读演讲稿,手里拿着演讲稿还不算,傍边还有一个屏幕提醒着。本来我想看看到底这是一个什么样的人,但听到的是对奥巴马的攻击和对开采阿拉斯加石油的渴望,drillbaby drill,听众呐喊着,翻译成中文就是“打眼吧,孩子们,打眼吧!”。还听到她说Godevil,聊无新意,没有激情,煽动性也差,远没有奥巴马有演讲天赋。重要的是,我还是没有看到真实的萨拉.佩林。

再次回到网络上,萨拉.佩林的名字比飓风还厉害,已经使得互联网萨拉泛滥了。我尽管平时也关注美国政治,但好像从来没有像这次这样投入,这样有非常明确的政治倾向,打动我的原因不是奥巴马的激情演讲,是萨拉.佩林的“反科学”的政治观念。

她相信神创论,这是自己的信仰自由无可厚非,但他鼓励在公立学校里教授“天才设计论”,这个问题我在2005年就关注过,感谢上帝,我没有住在阿拉斯加!但我却很有可能成为她治下的一位居民,这个让我很担忧。

她曾经要禁止一些图书在她管辖的城市图书馆里收藏,一位管理员因为反对她被开除了,这个也让我很担忧,因为读“反动书籍”是我的一个爱好,最近在Our daily meds,这本书对于医药产业来说是一本大毒草。

她认为全球变暖和人类活动无关,所以能采油还是尽量采吧,减少温室气体排放就是一个很可笑的举动了,这个和布什总统观点相同,北极夏天不会再有冰了,这个对于阿拉斯加也许是好事,但我不住在哪里,我也很担忧。

她反对把北极熊列为珍稀保护动物,鼓励狩猎,鼓励枪支,尽管这个狩猎纯粹是一种娱乐活动和以前人们生存靠打猎没有任何关系,一个喜欢拿着长枪射杀动物取乐的女人,你喜欢吗?

她反对避孕更反对流产,即使你只有17岁,即使你怀的是一个有遗传缺陷的胚胎,即使医生建议流产,即使医学告诉你,破水后再坐飞机旅行10几个小时是很危险的,但她不在乎,流着羊水还能把演讲讲完,这个我流着鼻涕都做不到,这个女强人让我感到妇产科医生很难当,我又有些担忧。

我是靠科学吃饭的人,不希望有这样一位“上帝的女儿”告诉NIH你们应该或不因该做什么,所以我非常支持民主党,支持奥巴马,尽管我没有投票权!

达尔文与上帝之间的战争

如果我跟你说,在美国,这样一个科学高度发展的国家,一个每年都诞生几个诺贝尔奖得主的国家,一个能把探测器送上火星的国家,还在争论是进化论对,还是神创论对,还是都对,你一定会以为我发烧了,而且温度不低。
不是我在发烧,是达尔文和上帝之间的战争正进行着,而且热度不低。200583日,布什总统说他相信“天才设计论”,而且认为在学校教授科学的时 候,也给另一种“理论”(神创论)一个机会,让学生们自己选择。于是在宾州的一所中学里,在老师上生物课之前,郑重宣布一个公告,说进化论只是一种理论, 不是真理,如果你感觉学习进化论不适合你,你可以选择学习天才设计论,宣布完之后,部分学生开始离开教室。
最近,很多科学协会,杂志纷纷发表 声明和给总统的公开信,科学家们表示“天才设计论”不属于科学的范畴,不应该在科学的殿堂里讲授。就连布总统的科学顾问John Marburger博士都说:“进化论是现代生物学的基石,而天才设计论不是个科学概念”。如果在宗教课甚至是哲学课里讲神创论都可以接受,但在科学的教室里讲上帝,科学家们绝对不答应。
达尔文和上帝之间的战争已经进行了上百年了,现在不仅还没有停止的迹象,还越来越激烈了,一个漫画很说明问题,在上帝的领地里,在教堂,牧师们是否也给达尔文理论一个机会呢!好,今天祷告后,咱们讲世界的产生还有另外一种可能。
所以在上帝的领地和在达尔文的领地讲对立面的东西,都不能让人接受,就是用总统的权力推动,恐怕也不成。
著名美国愤青马比尔(Bill Maher)说过:“你相信人是猴子变的还是上帝创造的?我说我都相信,因为唯一圆满的解释是――上帝是只猴子”。

谁是萨拉.佩林?(Sarah Palin)

2008年9月1日 青方 7 条评论

星期五因为家事,中午才到实验室上班,看到新闻里说共和党总统候选人麦凯恩已经选出了他的竞选搭档,就是萨拉.佩林,和绝大多数的美国人感觉一样,问谁是萨拉.佩林呢?

在网上简单搜索了一下,知道这位美女是阿拉斯加州的现任州长,曾经参加过州小姐或是什么皇后之类的选美比赛,开始的感觉是老麦不简单,和实验室的人开玩笑说,老麦第一任妻子是比基尼泳装模特,第二任就是现在的老婆是前亚利桑那州小姐,这位竞选伴侣兼“灵魂伙伴”也是选美比赛得了名次的,老麦真是离不开美女啊!

今天在网上仔细读过一些文章,包括中文的介绍,给人的印象是,这是一位锐意进取,改革创新,关心民众(特指阿拉斯加居民),有管理市和州级的经验,清明廉政的女强人,老麦的选择是一个胜负手,抢了奥巴马的风头,是个明智的选择。

但更深入的Google后,发现这些光环之下的本色萨拉。这是一位坚决反对堕胎的人,我前面一篇博客已经介绍过,她明明知道自己怀的是先天愚型,但还是生了这个孩子。她反对同性恋结婚,怀疑全球变暖和人类活动有关,反对把北极熊列为珍稀保护动物,原因是北极熊一旦列入保护动物行列,就要限制人们在其生活圈里的活动,包括开采石油(注,美国已经通过法律,把北极熊列为珍惜保护动物)。她还支持在公立学校里教授神创论,这就说明她是反对进化论的。这些还不够,今天在她治下的一位阿拉斯加人写的博客里,发现她的故事还非常多,比起她的竞选搭档老麦有意思多了。

第一,她的从政经验,她当过Wasilla市的市长,自然就有了管理经验,但这个城市居民大约5000人,没有自己的公立学校系统,是个前不着村后不着店的“遥远的地方”,在这个地方获得的管理经验,居然获得了老麦的认同和赞赏,阿拉斯加也同样是个人口很少的州,记得一个电影里说,在阿拉斯加居住的人,都是“逃避者”。

第二,她的廉政,她在演讲里说自己为了给联邦政府省钱,拒绝了为“哪里都通不到”的地方建一座桥,但人们翻开2006年当地的报纸,她当初是明确支持建这个桥的,这个就是所谓的“墙头草”,立场不坚定。目前她还卷入到一场公报私仇的丑闻里,她开除了一位资深州政府官员,原因是这位官员没有听她的召唤,开除在他手下任职的萨拉的前妹夫,这位前妹夫和萨拉的妹妹闹离婚上了法庭,萨拉对这位非常痛恨,这家事情还没有完,必将在未来的一段时间里发酵。

第三,她是伊拉克战争的坚定支持者,但外交经验几乎没有。

我相信,以后人们会发现很多这位共和党副总统候选人的事迹。有感于很多中国人跟着主流媒体对其进行吹捧,以后我会尽量找出些非主流的声音供参考。

看来老卖年糕的老麦凯恩,和保守的共和党开了一个大大的玩笑!

图片来自Mudflats,这是萨拉.佩林担任的Wasilla市最繁华的市中心!

怀上一个有缺陷的孩子,是生还是不生?

2008年8月31日 青方 6 条评论

昨天美国共和党总统候选人麦凯恩公布了竞选搭档,这位是44岁的阿拉斯加州州长,前阿拉斯加州副小姐,萨拉.佩林(Sarah Palin)。谈到这位女士的经历的时候,说她是共和党保守主义者,坚决反对堕胎,所以当她知道她怀的一个孩子是先天愚型的时候,她没有人工流产,而是把孩子生了下来。这个事迹感动了很多保守主义者,但如果拿这个问题问每一个母亲,怀上一个有缺陷的孩子,是生还是不生呢?

这个问题是很复杂的,按照优生的原则,有明显缺陷的孩子,例如这个先天愚型,是可以选择流产的,这个也是在高龄产妇中进行产前诊断的原因。从医生的角度看,医生在诊断出怀的孩子有明显缺陷的时候,可以向孕妇建议流产。

中国人因为国家推广计划生育以及优生优育的政策,而且中国人在生孩子和堕胎方面受到宗教的影响比较小,我想绝大多数是会选择堕胎的。所以,我自己很难理解,当知道怀的孩子有缺陷的时候,为什么还非要生下来呢?

这位副总统候选人这样做是她自己的选择,按照宗教的解释,是上帝给了这个孩子生命的机会,你就不应该因为这个孩子有缺陷就不生下来,选择堕胎是推卸以后抚养的困难和责任。但这个孩子无疑不想自己有缺陷,很想再有一次机会,健康的出生。父母根据宗教的原因做出的选择,是否也是强加给这个孩子的呢?

从医学的角度看,之所以在高龄孕妇中推广产前诊断,是降低有先天缺陷孩子出生率的科学办法,拒绝医生的诊断和流产的建议,是把宗教置于科学之上的选择。

这位萨拉女士也同样不认为“进化论”是一种事实,认为在学校,孩子们应该根据自己的兴趣选择神创论和进化论来学习。对全球变暖也持有怀疑的态度,反对把北极熊列为珍稀保护动物,我如果有投票权,是肯定不会选她的。

希望这次美国的选举,不要再纠缠在同性结婚,流产,等这些无关大局的“个人利益”的问题上了,多关注些国计民生,尽早结束战争。在战争面前,保守主义的虚伪令人作呕,对未出生胚胎的爱心胜过置于战争危险中的人。

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烧香拜佛与呼吸道癌症

2008年8月27日 青方 3 条评论

记得以前看过一篇文章,一些宗教人士通过流行病学调查发现说经常去教堂的人更健康,反驳的文章说这个根本不对,因为教堂一般比较老旧,空气流通不好质量差,再加上经常要焚香,所以对经常去的人的健康是有危害的。

今天看到一篇报道说经常烧香能增加患上呼吸道癌症的风险。丹麦的研究人员观察了61000名新加坡华人,年龄在4574岁之间,通过12年的观察发现,经常烧香拜佛的人患上呼吸道鳞状细胞癌的机会高1倍,这篇文章发表在Cancer杂志上。这些香大多是一些植物混合在一起做成的,包括一些芳香植物,芳香油等,这些植物在焚烧之后很容易产生能引发癌症的化学物质,例如苯和芳香烃等。

这个其实也没有什么特别奇怪的,因为既然吸烟包括吸二手烟能增加患肺癌的风险,那么烧香烧出来的烟,吸到呼吸道里也好不到哪里去,尽管气味芬芳,而且是烧给佛或菩萨的。但我还是发现这个研究非常有意思,因为这些虔诚的佛徒在多年烧香祷告后,健康状况没有任何改善,反而不如不祷告的人,我相信祷告的内容里或是求佛保佑的内容里肯定包含关于健康的内容。

所以说这个研究告诉人们,烧香拜佛是没有什么用处的,最起码对健康是如此,对于是否能增加钱财,躲避灾祸就不得而知了。而且佛和菩萨,特别是女性的观音菩萨,是否喜欢吸二手烟也是很值得商榷的。

现在发现一些犹太人把节日点的蜡烛换成了小灯泡是很符合健康的,也紧跟时代的脚步,不妨佛徒们也把香换成电子的?

图片来自Google

奥运会,糖尿病及其他

2008年8月22日 青方 4 条评论

最近每天看奥运会到深夜,慢性睡眠缺乏,精力不济,博客很少更新,今天深觉奥运之疲劳,于是换换脑筋,胡扯几句。

新闻里说,治疗糖尿病的一个非常好的药,ByettaGLP-1类药物的代表,这个近乎完美的治疗糖尿病的药物,有引发严重的出血坏死性胰腺炎的可能,已经造成几例病人死亡,于是人们增加了对这类药物的担忧。这个在糖尿病领域,尤其是药物研发领域,无疑是一个重磅炸弹,和别人谈到此事的时候感慨,做一个好药,“难,实在是太难了”(邓亚萍语录)。

还是糖尿病,有研究说,饮水中的微量砒霜,就是砷,可能与糖尿病的发病有关,这是环境因素在糖尿病发病中的作用。记得很多鸡饲料里是添加砒霜的,吃鸡也能增加患糖尿病的风险吗?也许,记得昨天从一家卖炸鸡的餐馆前经过,看到广告牌子上写着“Eat chicken live longer (吃鸡能长寿)”。

回到奥运会,我们有了一个近乎完美的开幕式,也有了近乎完美的运动员的比赛。不完美之处,就是大家争论很久的,小女孩的配音和刘翔的跟腱,对于这个我是没有什么话说的,感觉有着巨大经济利益为背景的事情,就好象是本来很好喝的汤,非要再添一碗味精不可,想不变味都是不可能的,爱国主义就如同味精,量不同,口味也不同,口味轻的是“麻木”派,重口味的,不是极右就是极左。刘翔的跟腱一受伤,很多人心里的跟腱就断了,心理纳闷,本来长在刘翔脚上的跟腱,怎么也长到很多人的心里了呢?

奥运结束后,日子还是平常的日子,生活还是静如止水的生活。

多吃蔬菜水果能有效预防糖尿病

2008年8月17日 青方 4 条评论

最近发表在Archives of Internal Medicine上的研究显示,多吃蔬菜水果能有效降低患糖尿病的风险。

这项研究在12年的时间里共观察了英格兰Norfolk21000名居民,年龄从40岁到75岁之间,平均年龄58岁。研究者按照每天吃蔬菜和水果的多少,把人群排队,然后看糖尿病的发病情况,结果发现最爱吃蔬菜水果的5%的人比最不爱吃的5%的人,患糖尿病的机会减少了62%。这个可能与蔬菜水果内含量丰富的维生素C有关系。

以前,美国土伦大学和哈佛大学的研究也有同样的发现,这项研究发现常吃绿叶蔬菜,例如生菜,菠菜等,还有水果,例如苹果,香蕉,橙子,西瓜,甚至常喝果汁,都能有效预防妇女患糖尿病。对于有比较高患糖尿病风险的人,预防效果更明显。

这项美国的研究,从1984200218年的时间里观察了71346名护士,她们的年龄在3863岁之间,研究开始的时候,没有人有糖尿病,18年之后,有7%的人患上了糖尿病,这个比例与美国糖尿病总体发病率相当。在观察吃蔬菜水果的量与糖尿病发病率之间关系的时候,发现爱吃蔬菜水果的人患糖尿病的比例明显降低,这个排除了其他的因素,例如家族史,吸烟史,年龄与体力活动等。研究还发现,吃土豆和面食等碳水化合物多的人,则增加了患糖尿病的风险。

其实蔬菜水果里不仅含有丰富的维生素C,还含有丰富的食物纤维,抗氧化的物质,爱吃蔬菜水果的人,摄入的油也少,这些因素都对预防糖尿病有帮助。

这些研究,从饮食结构的改变方面阐述了糖尿病高发的原因,尽管不能完全解释糖尿病的发病原因,但有一点是很明确的,健康的饮食习惯能有效预防糖尿病。